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微生物肥料和化肥之间是互补的关系。用了微生物肥料可以提高化肥的利用率、可以少用化肥、克服了单用化肥会使土壤板结、漏水、漏肥等特点。接下来我将他们的关系分析如下：
1、微生物肥料不能完全替代化肥
在只追求产出，不追求农产品质量的大宗农产品（如玉米、小麦）种植田块，生物有机肥一般不宜完全替代化肥。如果仅用微生物肥或有机肥完全替代化肥，既追求产品品质，又追求产量，将使用投入的成本相对增高。对不追求农产品品质，只追求产量的一般大宗农产品来说，全部用成本相对较高的生物有机肥替代成本较低的化肥，成本显得较高。这种仅用化肥，既追求产量，有希望土地持续丰收的操作，只能在富含大量有机质的土壤中短期有效。例如东北黑土地长期只用化肥，同时焚烧秸秆，导致黑土也会沙化就是明显的例子。
如果考虑农田的可持续利用，最好的使用方法是化肥、微生物肥、有机肥三者结合使用，尤其是针对有特殊经济效益的农产品种植，如果树、蔬菜、茶叶、中药材等，是一种针对性强、经济效益好的农作方式。微生物肥料的使用不但提高了产量，还保证了农产品的质量和品质。
2、微生物肥料能提高化肥的利用率
在当下的种植手段下，我国的化肥利用率仅仅只有30%~35%左右，大部分都没有被作物吸收，要么一部分被挥发、要么一部分被固定在土壤里或者随雨水的淋洗渗入地下而污染环境。在施肥时，以有机肥和微生物肥为基肥，追肥使用化肥，这种化肥配施微生物肥和有机肥的措施，能使化肥的利用率大大提高，肥料的利用率可以提高至70%左右。
3、微生物肥料能减少化肥的使用量
提高肥料利用率本身就是减少化肥使用量的一种措施，另外有固氮能力的菌株在氮养分缺乏的土壤中还能降空气中的氮固定为氮肥，大大减少了化肥的使用量。
所以说微生物肥料和化肥之间是互补的关系，微生物肥料不但能减少化肥的使用量和提高肥料的利用率，还能大幅度提高农产品的质量，因此，微生物肥料的使用是实现化肥减量的科学而有效的农业生产措施。
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