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1.调理土壤，激活土壤中的微生物活性速率，克服土壤板结，增加土壤透气性。减少水分流失和蒸发少，减轻干旱压力，保肥，减轻盐碱危害，减少化肥用量或者逐步替代化肥，提高土壤肥力，搞粮食作物、经济作物、蔬菜、瓜果水果产量大大增加。提高农产品质量，果色鲜艳，果头整齐，成熟度集中，结果多。产品含糖量和维生素含量提高，口感好，有利于扩大出口，提高售价。使作物茎秆粗壮，叶片深绿色，开花提前，座果率高，果实商品化，果实提早上市。增强作物的抗病性和抗逆性，减少连作带来的病害和土传病害，减少发病率；对防治花叶病、黑胫病、炭疽病等有很好的效果。同时还能增强作物对不利环境综合防御能力。随着化肥施用量的减少，农产品中硝酸盐含量也相应降低。
2.营养元素齐全，可以改善土壤和因使用化肥造成的土壤板结。改善土壤的理化性质，增强土壤保水、保肥、供肥能力。生物有机肥中的有益微生物进入土壤后和土壤中的微生物相互形成共生增殖关系，抑制有害菌的生长，转化为有益菌。相互影响，相互促进，发挥群体的协同作用。有益菌在生长繁殖过程中产生了大量代谢物，促进有机物的分解和转化，能直接或间接为作物提供多种营养和刺激性物质。促进和调节作物生长。提高土壤孔隙度、渗透性和交换性，提高植物成活率，增加有益细菌和土壤微生物和种群。同时，作物根系中形成的优势有益菌可以抑制有害病原菌的繁殖和增加作物抗逆性、抗病性，可降低连作作物的病情指数，连年施用可大大缓解连作障碍。
生物有机肥在有机肥的基础上加入功能微生物，如放线菌，芽孢杆菌，光合细菌，解磷解钾细菌等。
生物有机肥，是有机肥的一类，有机肥在商品化生产过程中利用微生物的发酵和分解，可以是自然发酵也可以是添加人工菌种干预发酵，达到充分分解充分杀菌的目的。
一、提高土壤有机质含量。
经常施用有机肥能明显提高土壤有机质含量，有利于维持土壤有机质的稳定，改善土壤的理化性状。
二、促进土壤团粒结构的形成。
土壤有机质、碳酸钙和多糖类物质对土壤结构的稳定性有良好作用。施用有机肥比施用厩肥更能增加土壤有机质的含量，尤其是能产生较多的五碳糖、六碳糖和多糖。这特别有利于水稳性团粒的形成，如使大于0.25mm的水稳性团粒明显增加。
三、提供养分。
有机肥中含有作物需要的各种养分，有机肥的使用能明显提高耕层土壤中养分，尤其是钾的含量。1995年农业部对全国12个省份耕地的调查，耕地中磷含量较之1990年以前有所增加，而缺钾和缺微量元素的耕地面积却有所扩大，因此大力提倡秸秆还田有利于部分归还土壤钾素。
四、调节土壤的氮素供应。
微生物在分解C/N大的秸秆初期，要从土壤中吸收氮素组成自身的体细胞，导致土壤氮素的生物固定，起到了暂时保存氮素的作用。当微生物死亡后，这部分氮又分解释放。此外，有机肥的施用增加了土壤中的能源物质，也有利于生物固氮，有机肥料中的有机质含量可达30%左右，相关资料显示，每氧化1.0g碳素释放的能量，可供固氮微生物固定10~40mg氮素的需要。
五、提高土壤微生物和土壤酶的活性。
施用有机肥后微生物的数量明显增加，距离施有机肥处近的土壤尤为明显，这对加速有机态养分的释放，活化土壤中的养分有良好的作用。此外，有机肥还能减少某些作物的病害。
有机肥在农业生产中施用所显示的优点还包括：
1、营养平衡，促进作物生长，增产明显，肥效高；
2、改善农产品品质；
3、抑制病原菌，减轻病虫害；
4、疏松、改良土壤，减少土壤中硝酸盐的污染；
5、增加作物对水分的吸收、增强作物抗旱及抗倒伏能力；
6、经过科学的管理，可使种植的农作物达到国家绿色食品用肥标准“A级”或“AA级”。
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